À la suite de la mort de Gus Fring, Walter décide de créer son propre empire de la drogue. En partenariat avec Jesse et Mike, ce dernier fait fortune, mais ses plans sont contrariés par son beau-frère Hank, désormais chef des Stups d’Albuquerque, qui est toujours aussi obsédé par le mystérieux Heisenberg.
Épisode 1
Walt rend visite à sa famille, toujours placée sous protection, tout en gérant les conséquences de l'explosion de la Casa Tranquila.
Épisode 2
Walt et Jesse décident d'embaucher un nouveau partenaire pour les aider dans leur projet, tandis que la DEA exploite plusieurs pistes dans l'espoir de trouver la bonne.
Épisode 3
Walter retourne vivre à la maison, au grand désespoir de Skyler, et va trouver Saul, accompagné de Mike et Jesse, à la recherche d'un nouveau local où "cuisiner".
Épisode 4
Alors que Mike prévoit de remplacer Lydia qui a vendu un de ses employés aux Stups, Skyler décide d'éloigner les enfants pour assurer leur sécurité.
Épisode 5
Alors que Walter rend visite à son beau-frère dans son nouveau bureau, Jesse doute de la bonne foi de Lydia qui décide de lui révéler des informations confidentielles.
Épisode 6
Contraints à faire face aux conséquences du vol de méthylamine, Mike et Jesse veulent se retirer de l'affaire, mais Walt est bien décidé à bâtir un véritable empire.
Épisode 7
Tandis que Walter négocie un nouveau deal avec Declan, Hank commence à s'intéresser à Dan, l'avocat des complices de Mike.
Épisode 8
Walt contacte Lydia pour obtenir les noms des hommes de main de Mike, alors que Skyler tente une nouvelle fois de convaincre son mari d'abandonner sa petite "cuisine".
Épisode 9
Alors que Walt et Jesse se font à leur nouvelle vie, Hank est totalement déboussolé par une nouvelle découverte.
Épisode 10
Alors que Skyler est rattrapée par son passé, Walt tente de brouiller les pistes, et Jesse est rongé par la culpabilité.
Épisode 11
Jesse décide changer de vie, tandis que Walt et Skyler doivent faire face à une demande inattendue.
Épisode 12
Jesse cherche à se venger de Walt, tandis que ce dernier manipule Hank et Skyler pour éviter que la situation ne dégénère.
Épisode 13
Walt et Jesse s’affrontent indirectement alors qu’un piège se met en place dans le désert, menant à une confrontation explosive.
Épisode 14
La guerre éclate ouvertement, provoquant l’effondrement total de l’empire de Walt et la destruction définitive de sa famille.
Épisode 15
En fuite et isolé, Walt fait face aux ruines de son empire pendant que ses proches tentent de survivre sans lui.
Épisode 16
Walt revient à Albuquerque pour régler ses dernières affaires et affronter les conséquences finales de son héritage.